Θεματα Διπλωματικών/Μεταπτυχιακών εργασιών

 Ανακοινώνεται η δυνατότητα νεας διπλωματικής εργασίας: Κυρίως για μεταπτυχιακούς φοιτητές σε συνεργασία με την InSyBio (Δρ. Κωνσταντίνο Θεοφιλάτο) εταιρεία με θέμα τη 'Μελέτη και φυσικοχημικό χαρακτηρισμό πρωτότυπων μικρών βιοπολυμερικών πεπτιδίων'

 

Θέματα για Εργασία, Διπλωματική εργασία (3 θέσεις) και μεταπtυχιακή (2 θέσεις)

Διόρθωση

Διαγραφή

Αόρατο

http://mycourses.ntua.gr/css/emp/spacer.gif

11.2.2016

     

1. Ανίχνευση βιοδεικτών ύστερα από έκθεση σε ιοντίζουσα ακτινοβολία φορτισμένων σωματίων (πρωτονίων, νετρονίων) μέσω της βιοπληροφορικής ανάλυσης δεδομένων μικροσυστοιχιών DNA (microarraydata).

Εφαρμογές στην Ιατρική (ραδιοθεραπεία-διαγνωστική)

 Η εργασία αυτή θα πραγματοποιηθεί σε συνεργασία με Ιατρική Αθηνών, Technical University of Vienna και ΙΙΒΕΑΑ.  

2. ΔΥΝΑΤΟΤΗΤΑΣ ΓΙΑ ΔΙΠΛΩΜΑΤΙΚΗ ΕΡΓΑΣΙΑ (ΠΡΟΠΤΥΧΙΑΚΟ Η’ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΟ ΕΠΙΠΕΔΟ) ΣΤΟ ΧΩΡΟ ΤΩΝ ΙΟΝΤΙΖΟΥΣΩΝ ΑΚΤΙΝΟΒΟΛΙΩΝ ΚΑΙ ΤΗΣ ΕΦΑΡΜΟΣΜΕΝΗΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ. H ΕΡΓΑΣΙΑ ΘΑ ΠΡΑΓΜΑΤΟΠΟΙΗΘΕΙ ΣΕ ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΜΕ ΤΗΝ ΕΤΑΙΡΕΙΑ ΕΞΕΙΔΙΚΕΥΜΕΝΗΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ ΑΝΑΛΥΣΗΣ InSyBio  http://www.insybio.com/  :

Τίτλος: Εντοπισμός και ανάλυση βιοδεικτών βλαβών DNA από ακτινοβολία με χρήση μεθοδολογιών σύγκρισης δικτύων συνέκφρασης και δεδομένων γονιδιακής έκφρασης

Περιγραφή:  Σκοπός της παρούσας διπλωματικής εργασίας είναι ο εντοπισμός βιοδεικτών απόκρισης στις  βλάβες DNA (DNA damage response) από διάφορους τύπους ιοντίζουσας ακτινοβολίας (ionizing radiation). Σαν πρώτο βήμα τα διαθέσιμα δεδομένα γονιδιακής έκφρασης που σχετίζονται με τη συγκεκριμένη δραστηριότητα αλλά και δεδομένα ελέγχου θα συλλεχθούν από δημόσια διαθέσιμες βάσεις δεδομένων όπως η Gene Expression Omnibus και η Encode.

Αυτά τα δεδομένα θα προεπεξεργαστούν και θα αναλυθούν με κλασσικές μεθόδους στατιστικής (Wilcoxon Rank Sum Test, T-test κλπ) με σκοπό να εντοπιστούν γονίδια των οποίων η έκφραση διαφοροποιείται στατιστικά σημαντικά στις διάφορες υπό μελέτη βιολογικές καταστάσεις. Παράλληλα με αυτή την ανάλυση, στην παρούσα διπλωματική εργασία θα εφαρμοστεί και η καινοτόμος τεχνική σύγκρισης δικτύων γονιδιακής συνέκφρασης για την εξαγωγή βιοδεικτών-γονιδίων των οποίων όχι μόνο διαφοροποιείται στατιστικά σημαντικά η έκφραση στις υπό εξέταση βιολογικές καταστάσεις, αλλά επίσης διαφοροποιείται στατιστικά σημαντικά και ο ρόλος τους στα γονιδιακά δίκτυα που σχηματίζονται. Ως γνωστόν οι διαφοροποιήσεις σε επίπεδο δικτύου είναι κατά πολύ μικρότερες σε σχέση με τις διαφοροποιήσεις σε επίπεδο απόλυτης γονιδιακής έκφρασης και μάλιστα πιστεύεται ότι σχετίζονται με μεγαλύτερη πιθανότητα με την βιολογική διαταραχή που μελετάται και λιγότερο με τα αποτελέσματά της. Η ανάλυση αυτή θα πραγματοποιηθεί χρησιμοποιώντας το εργαλείο InSyBio BioNets.

Οι εξαγόμενοι βιοδείκτες θα αναλυθούν περαιτέρω μελετώντας, την προηγούμενη συσχέτισή τους με ασθένειες, τις πρωτεϊνικές τους αλληλεπιδράσεις και την λειτουργία τους με χρήση του InSyBio Interact και την συμμετοχή τους σε μεταβολικά μονοπάτια μεσω της βάσης δεδομένων KEGG. Επίσης οι εξαγόμενοι βιοδείκτες θα συγκριθούν και θα επικυρωθούν με βιοδείκτες που ήδη έχουν συσχετιστεί στην βιβλιογραφία με βλάβες στο επίπεδο DNA από την επίδραση ακτινοβολίας.  

NEW DIPLOMA THESIS OPPORTUNITY

Title: Radiation DNA damage biomarker discovery and analysis using gene expression datasets and methods based on co-expression networks comparison

Περιγραφή:  This thesis targets on the discovery of biomarkers of DNA damage response for different types of ionizing radiation. The first step of this analysis would be to collect public available gene expression datasets being correlated with the aforementioned activity and other control datasets for public available repositories such as Gene Expression Omnibus and Encode.

These datasets will be preprocessed and analyzed with standard statistics methods such as Wilcoxon Rank Sum Test and T-test, in order to locate genes whose expression is differentiated between the different studied biological conditions with statistical significance. On parallel, in this thesis, the innovative method for uncovering biomarkers from comparing gene co-expression networks will be applied.  This method locates a biomarker if its role within the relevant co-expression networks is being significantly altered between the different biological conditions. It is known, that differentiations in a network level are fewer than differentiations in the expression values level and moreover, it is believed that they are more likely to be associated with the causes of the studied biological conditions. This analysis will be performed using the InSyBio BioNets tool.

A meta-analysis on the uncovered biomarkers will be performed to further study their relation with diseases, their protein-protein interactions, their association with specific molecular functions and biological processes using InSyBio Interact tool and their association with metabolic pathways using KEGG database. Moreover, the uncovered biomarkers will be compared and validated using biomarkers sets which have already been associated in the literature with radiation DNA damage.

3. Προσομοίωση των αναμενόμενων επιπέδων βλαβών DNA σε ανθρώπινα κύτταρα ύστερα από έκθεση σε ιοντίζουσες ακτινοβολίες. Εφαρμογές στην ραδιοθεραπεία και στο περιβάλλον’ .

Για την συγκεκριμένη άσκηση θα χρησιμοποιηθούν πειραματικά δεδομένα από τη διεθνή βιβλιογραφία αλλά και οι κώδικες Monte Carlo MCNP και MCDS(http://faculty.washington.edu/trawets/mcds/)

Εφαρμογές στην Ιατρική (ραδιοθεραπεία-διαγνωστική) και περιβάλλον (χαμηλές δόσεις και καρκινογένεση).

Η εργασία αυτή θα πραγματοποιηθεί σε συνεργασία με Ιατρική Αθηνών, Ωνάσειο και ΙΙΒΕΑΑ.

4. Ανίχνευση βλαβών DNA σε κύτταρα και ιστούς θηλαστικών ύστερα από έκθεση σε ιονίζουσα ακτινοβολία χρησιμοποιώντας βιοφυσικές τεχνικές όπως διηλεκτρική φασματοσκοπία και μικροσκοπία AFM.

Η εργασία αυτή θα πραγματοποιηθεί σε συνεργασία με ΕΚΕΦΕ ‘ΔΗΜΟΚΡΙΤΟΣ’ και την ομάδα Διηλεκτρικών .

5.'Εξατομικευμένη διαδικασία ποιοτικού ελέγχου σε εφαρμογές Στερεοτακτικής Ακτινοχειρουργικής με χρήση τεχνολογίας τρισδιάστατης εκτύπωσης και δοσιμετρίας γέλης πολυμερών' σε ευνεργασία με τον Δρ. Ευάγγελο Παππά (ΤΕΙ-Αθήνας) RT Safe : http://www.rt-safe.com/